Kong Frederik IV var bygherre, og kirken stod færdig i 1706 som hærens kirke i København, der som udpræget fæstningsby rummede en stor landmilitær garnison. Tidligt blev den brugt af borgerne i den nyanlagte Frederiksstaden mellem Kgs. Nytorv og Kastellet og blev fra 1804 også civil kirke for bydelen, der socialt set altid har været meget sammensat.Kirken ligger på langs ad Sct. Annæ Plads og syner udvendigt ikke af så meget. Men indvendigt folder den sig ud som et af byens største og mest monumentale kirkerum, hvis pulpiturer i to etager i nederlandsk barok giver rummet sit eget strenge men rolige præg, holdt sammen af det store alterparti i norsk, sort-hvid marmor.

Garnisons Kirkegård ligger på Dag Hammarskjölds Allé lige nord for Østerport Station, og kirkegården rummer mange monumenter over nationens og hærens historie. I dag er kirken en i enhver henseende velfungerende kirke i indre by. I forbindelse med den sidste store restaurering i 1995 blev kirkens oprindelige højbarokorgel, bygget af Kastens i 1724, genskabt ved orgelbyggeren Carsten Lund. Orglet har betydet et løft for både gudstjeneste- og koncertlivet.

Dronning Margrethe II’s monogram sidder nu på orglets rygpositiv, mens Frederik IV’s monogram stadig sidder øverst på de to pedaltårne samt over indgangsdøren og på alteret.